在食品行业，微波杀菌是一种比较先进的干燥方法，微波杀菌的机理是利用微波交变的电磁场使物料当中的极性分子（如水分）来回振动，相互摩擦而生成热量。因工业应用的微波频率一般为2450兆赫，所以物料中极性分子升温的速度非常快。另外，由于微波中的强电场对细胞的生命活动有极强的破坏作用，所以在食品行业，微波又有很好的杀菌效果。
微波杀菌的特点：
1）微波加热的速度极快，能在短时间内使物料干燥。
2）微波在干燥同时完成了杀菌过程。(80℃条件下的杀菌时间为3分钟)
3）微波可实现低温干燥的要求，通过适当控制功率可最大限度保持食品的颜色和口味。
4）微波能杀灭酶的活性，所以在干燥的过程中能最大限度的保留食品的营养成分。
5）在干燥低含水物料时，微波的干燥效率远高于常规干燥法。